Pemerintah melalui Kementerian Keuangan (Kemenkeu) saat ini tengah mempersiapkan rancangan Peraturan Presiden (Perpres) khusus yang mengatur mengenai pengalihan pembinaan organisasi, administrasi, dan keuangan Pengadilan Pajak dari Kemenkeu beralih ke Mahkamah Agung (MA) sesuai dengan Putusan Mahkamah Konstitusi (MK) Nomor 26/PUU-XII/2023 atas ketentuan Pasal 5 ayat 2 UU Pengadilan Pajak.
Rancangan penyusunan Perpres ini telah resmi dimasukkan dalam Lampiran Keputusan Presiden Nomor 38 Tahun 2025 (Kepres 38/2025) yang ditetapkan pada 22 Desember 2025. Putusan MK memberikan tenggat waktu pelaksaan peralihan ini dilakukan paling lambat 31 Desember 2026.
Nantinya, Perpres ini akan memuat pengaturan mendetail terkait pengalihan Pengadilan Pajak yang terdiri dari tahap persiapan dan tahap pelaksanaan. MA pada publikasi Laporan Tahunan 2025 menyampaikan rekomendasinya agar Perpres tersebut juga memuat pengalihan untuk struktur organisasi, sumber daya manusia, maupun barang milik negara.
MA menilai pengalihan Pengadilan Pajak dapat membawa perubahan positif sekaligus meningkatkan kepatuhan pajak dan penerimaan pajak negara. "Pengalihan ini akan memberikan dampak positif dalam menjaga independensi lembaga peradilan, menghilangkan intervensi instansi lain dalam pelaksanaan tugas dan kewenangan lembaga peradilan, serta meningkatkan kepatuhan pajak dan penerimaan negara di bidang pajak," tertulis dalam Laporan Tahunanan 2025 MA.
Sebagai pemrakarsa, Kemenkeu nantinya bertanggung jawab dalam penyusunan rancangan perpres ini dengan harapan dilaksanakan paling lambat 31 Desember 2026. Dalam Putusan MK No.26/2023 dijelaskan bahwa pada Pasal 5 ayat 2 UU Pengadilan Pajak yang memuat frasa "Departemen Keuangan" sudah dianggap tidak berkekuatan hukum sepanjang tidak dimaknai sebagai "Mahkamah Agung".
