Pajak perusahaan dengan tender pemerintahan

Selamat siang rekan,

saya ingin bertanya, untuk perusahaan jasa konsultan yang mendapatkan tender dari pemerintah senilai SPK, maka perusahaan tidak memperoleh keuntungan lebih (dibayar sesuai cost yang tertera pada SPK).
Setelah saya observasi, kewajiban lapor pajak yang timbul ada 3 untuk setiap bulannya, tapi mohon dikoreksi buat rekan yang membaca artikel ini..
1. PPN pemungutan bendaharawan (apakah ini pasti selalu nihil saat kita menerbitkan spt masa ppn nya?)
2. PPh 23 yang telah dipotong pemerintah ( karena sebagian besar tidak memberikan bukti potong, agar perusahaan tidak kurang bayar maka saya mengajukan SKB)
3. PPh 21 atas upah tenaga ahli ( seperti biasa di setor lalu dilapor, nah apakah ini akan membuat pajak badan kita menjadi lebih bayar? karena pendapatan dan pengeluaran dari setiap tender yg kami terima tidak menghasilkan keuntungan, dan bagaimana cara menyikapinya? )

jika ada kewajiban lainnya yang saya lewatkan, mohon pencerahannya ya rekan-rekan 🙂
masukan dari rekan semua sangat berarti buat saya,
terima kasih