PPN atas transaksi ke Pemerintah

Assalamu'alaikum wr. wb…
Selamat siang sahabat ortax.. saya mau share masalah yg terjadi di perusahaan kami.
kami baru saja melakukan restitusi PPN dikarenakan hampir 80% transaksi kami kepada Pemerintah. ada transaksi dimana kami melakukan pengadaan atas buku untuk dinas pendidikan. tapi dari sejak tanda tangan kontrak pengadaan tersebut harga sudah termasuk PPN.
Saat pemeriksaan kami di kenakan STP atas kesalahan penomoran Faktur Pajak. kami menggunakan kode Faktur 020 untuk bendaharawan, tapi kami di salahkan karena transaksi kami penjualan atas buku pelajaran jadi kode fakrut yang seharusnya 080 karena di bebaskan.
Namun yang masih menjadi kendala untuk kami, bahwa pihak rekanan sudah memotong PPN maupun PPh pasal 22nya.
Dengan adanya hal ini, kami harus bagaimana? padahal transaksi2 kami kedepan masih ke Pemerintah dan tidak menutup kemungkinan kejadian di lapangan seperti ini lagi. Mohon bantuan rekan2 untuk sharing ya…
Terima kasih…
Wassalamu'alaikum wr.wb.

tetapi kenyataan di lapangan, saat pelelangan itu biasanya harga sudah termasuk Pajak, dan pihak pengadaannya kurang memahami peraturan perpajakan itu. jadi seolah2 tidak menutup kemungkinan walaupun dengan adanya surat (dasar hukum) dari kantor pajak pihak pengadaan tetap akan memungut pajaknya. itu yang sering terjadi di lapangan.

terima kasih atas sarannya rekan priadiar4